Aufgrund der ultrastrukturellen Lokalisation der Blasen (Spaltebene) wird die EB in 3 Hauptkategorien eingeteilt. Auf elektronenmikroskopischer Ebene findet die Spaltung bei EB simplex (EBS) innerhalb der basalen Keratinozyten, bei EB junctionalis (EBJ) innerhalb der Basalmembran entlang der Lamina lucida und bei EB dystrophica (EBD) unterhalb der Lamina densa statt (siehe Dermo-epidermale Junktionszone).
Die Klassifikation der Subtypen wurde in den letzten Jahren dem molekulargenetischen Hintergrund angepasst und richtet sich jetzt weniger nach den klinisch-semiologischen Kennzeichen der vielfältigen Krankheitsbilder. Zahlreiche Mutationsanalysen in den letzten 10 Jahren bestätigten, dass die drei EB-Hauptkategorien genetisch unterschiedlich sind, aber auch, dass viele der mit Eigennamen versehenen Subtypen keine eigenständigen Krankheiten darstellen (siehe Genetik). Trotzdem wurde in der neuen Klassifikation noch nicht auf die vielen verschiedenen Akronyme verzichtet, weil diese in der medizinischen Praxis gut etabliert sind.